Jun Sakurada è uno studente che si rifiuta di andare a scuola a causa di alcuni problemi mentali derivati da un'esperienza traumatica avuta in passato (vedi hikikomori). Costantemente chiuso nella sua camera, ha l'hobby di ordinare online oggetti dai presunti poteri sovrannaturali per poi restituirli subito prima che scada il periodo di prova per non doverli pagare. La sorella maggiore, Nori Sakurada, fa tutto il possibile per aiutarlo, ma non è in grado di stabilire un dialogo.
Un giorno, Jun riceve una misteriosa lettera che lo attesta come vincitore di un fantomatico premio e gli chiede se lo vuole accettare o no. Dopo aver accettato e aver messo la lettera nel cassetto come recitavano le istruzioni, Jun riceve una scatola finemente decorata con all'interno una bambola vestita in stile vittoriano. Spinto dalla curiosità, Jun decide di caricarla. Con sua grande sorpresa, la bambola prende improvvisamente vita, si alza in piedi, gli si avvicina e lo schiaffeggia. Dopo aver chiesto il nome del ragazzo, infine, si presenta come Shinku, quinta bambola delle Rozen Maiden, e in men che non si dica Jun si ritroverà coinvolto in una misteriosa battaglia tra bambole con il compito di proteggere la Rosa Mystica di Shinku.
Fanno presto la loro comparsa anche le sorelle di Shinku: Suigintou, Kanaria, Suiseiseki, Souseiseki, Hinaichigo e Kirakishou. Quest'ultima è priva di corpo fisico, e prende possesso del corpo di Hinaichigo per averne uno. Tuttavia, Jun viene fatto prigioniero nell'N-field insieme alle bambole da Kirakishou, e tocca a Shinku salvare la situazione, recandosi in un mondo parallelo dove vive il "Jun che non ha caricato", cioè la versione adulta di Jun che non ha accettato il fantomatico premio.
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